No que diz respeito à constituição do município, o caminho foi aberto decididamente no século XIX: em 1830 Indaiatuba tornou-se Freguesia da Vila de Itu e em 1859 foi elevada a categoria de Vila. Já a data de fundação do povoado inicial é incerta. A tradição oral estabelece que a povoação foi fundada em fins do século XVII, por José da Costa, que teria edificado uma capela de madeira junto ao Rio Jundiaí, próximo à foz do Ribeirão Votura (atual Córrego do Caldeira) também conhecido como Córrego Barnabé ou Bela Vista). O povoado teria se iniciado em torno da capela.

O pesquisador Francisco Nardy Filho dá uma dimensão lendária para a ereção da capela: José da Costa, após procurar uma novilha na região "que ia dos campos do pai Pirá até o Rio Tietê", cansado de um dia de andanças, teria resolvido matar a sede no Ribeirão Votura e inesperadamente ali encontrando uma imagem de Nossa Senhora da Candelária. Com a imagem nas mãos teria feito uma prece e, quase que de imediato, encontrado o animal perdido, como por efeito de um milagre. A este acontecimento estaria relacionada a construção da capela.

O pesquisador Scyllas Leite de Sampaio entende que José da Costa teria sido um dos herdeiros de Domingos Fernandes, por sua vez fundador de Itu. Isso justificaria não só a sua presença nas terras que dariam origem ao povoado de Votura, como também a posse destas mesmas terras, e até mesmo a ereção de uma capela em devoção à Nossa Senhora da Candelária (uma espécie de homenagem a Domingos Fernandes, que em 1610 erigiu em Itu - então Ütu-Guassu - uma capela sob a mesma invocação).

Por volta de 1740, os habitantes da povoação original, pouso habitual de tropeiros, teriam se transferido para uma área de terras devolutas existente entre duas sesmarias, a aproximadamente seis quilômetros de distância, na direção de Campinas. A transferência teria sido motivada por uma violenta epidemia de varíola, relacionada, pelos moradores. à insalubridade local.

A história subseqüente de Indaiatuba deu-se a partir deste novo local.